Orgue de Jean-André Silbermann

L'orgue actuel de l'église des Jésuites n'est pas celui d'origine sur lequel le compositeur Georges Muffat, élève du collège des Jésuites aurait joué en 1671. Celui-ci est l'un des derniers construit par Silbermann (1781). Il comporte 22 jeux et est le seul orgue d'Alsace à posséder un clavier d'écho complet de quatre octaves. Constitué de trois tourelles, le buffet a des ailes représentant des instruments de musique, qui ne sont pas de la famille Silbermann. Le fleuron de la tourelle centrale représente une roue, l'emblème de la ville de Molsheim. La composition de l’orgue de Molsheim est unique dans l’œuvre de J.A. Silbermann, avec un grand-orgue assez puissant pour remplir cette vaste nef. L'orgue de Molsheim peut donc être considéré comme l'un des (trop rares) témoins de ce qu'à réellement dû être le son d'un orgue de Jean-André Silbermann (les instruments les mieux conservés ayant été réalisé par André, son père).
Sa restauration fut confiée aux mains de A. Kern de 1968 à 1971. Il fut classé monument historique en 1977 et sa partie instrumentale fut classée en 2003.